1955年，曲阜师范大学创建于济南，始称山东师范专科学校。1956年5月，改称曲阜师范学院，同年9月迁址曲阜。1981年，经批准成为全国首批招收研究生的高校；1982年，获得硕士学位授予权。1985年11月，学校更名为曲阜师范大学。2003年，获得博士学位授予权。
学校有计划地拓展研究生教育布局。现拥有哲学、马克思主义理论、教育学、体育学、中国语言文学、中国史、数学、物理学、生态学、统计学、控制科学与工程等11个博士学位一级学科授权点，教育博士1个博士专业学位授权点，2019年作为全国首批21个试点单位招收了汉语国际教育博士，博士授权学科数量居全国并列98-100位，省属师范大学第7位；拥有哲学、理论经济学、马克思主义理论、教育学、心理学、体育学、中国语言文学、外国语言文学、中国史、世界史、数学、物理学、化学、地理学、生物学、生态学、统计学、控制科学与工程、计算机科学与技术、软件工程、管理科学与工程、艺术学理论、音乐与舞蹈学、戏剧与影视学、美术学等25个硕士学位一级学科授权点；图书馆学等1个硕士学位二级学科授权点和金融硕士、应用统计、教育、体育、汉语国际教育、应用心理、翻译、文物与博物馆、电子信息、材料化工、能源动力、公共管理、旅游管理、图书情报、艺术等15个硕士专业学位授权类别。目前，学校的研究生教育已经涵盖哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、管理学、艺术学等10个学科门类，在学研究生5200余人。
学校高度重视学科建设。目前有ESI世界前1%学科5个：数学、工程学、化学、计算机科学、材料科学，山东省立项建设一流学科6个：工程学、数学、中国史、化学、物理学；培育建设一流学科1个：中国语言文学。17个学科入选软科2020“中国最好学科排名”，其中教育学学科位居全国前10%。在山东省“高水大学、高水平学科”建设中，学校入选山东省“强特色”建设高校，4个学科入山东省选高水平学科，其中教育学为“高峰学科”，体育学、中国史、数学为“优势特色学科”。
学校从加强制度建设入手，强化教育管理及各环节的监督和评估，全力提高研究生教育的质量和水平。根据教育部等三部委《关于研究生教育改革的意见》（教研[2013]1号），全面推进研究生教育改革，出台《关于进一步加强和 改进研究生教育工作的意见》（校字[2015]81号）《关于全面提高研究生教育质量的意见》（曲师大校字［校字[2018］62号）等一系列文件，构建起新时期研究生教育管理与赴的一整套新的制度。全面修订研究生培养方案，深化开展课程改革，优化研究生课程体系，政治理论课程实行专题化教学，使教学内容更加注重与理论和政策的发展相衔接；英语教学则注重应用能力的培养，并按不同学科门类实行分类教学；选修课则充分发挥儒学圣地的优势，聘请儒学研究领域的专家开设论语艺术鉴赏等课程；专业学位研究生培养落实实践教学课程的比例，2016年，我校被增列为教育部研究生课程建设试点工作单位。制定了《关于印发<研究生教学管理规定>的通知》（校字［2018］63号）、《研究生组会暂行办法》（校办字［2019］27号），全面加强研究生培养过程的全面管理；制定了《曲阜师范大学全日制专业学位硕士研究生专业实践要求及考核办法》等文件，全面规范和加强专业学位研究生的实践环节，2016年，由我校申报、曲阜师范大学附属中小学成功获批全国教育硕士专业学位研究生联合培养示范基地。加强科学道德和学风建设，制定了《关于加强研究生学风与学术道德建设的意见》（校办字［2017］16号），在全体研究生中开展了“研究生科学道德和学风建设宣讲活动”。加强研究生学位论文的质量监控，制定了《曲阜师范大学学位论文检测工作实施办法（试行）》《曲阜师范大学研究生存在问题学位论文处理办法》（曲师大校字［2016］22号）《研究生教育督导委员会工作条例（试行）》等文件，加大了对论文学术不端行为的检测力度，并坚持严格的学位论文“双盲”评审制度。出台了《曲阜师范大学研究生学位论文科研创新资助基金实施办法》等文件，全面推进研究生教育创新计划的实施与落实，山东省研究生教育创新计划项目获批数量居山东省省属高校前列；设立“研究生学术论坛”、“研究生学位论文创新资助基金”、“圣地英才奖”等各类奖励基金，激励研究生成长、成才。2015年开始实施研究生教育质量提升工程，通过开展校级优秀学位论文、研究生科技创新成果奖、研究生教育教学成果奖、专业学位研究生优秀实践成果奖等奖项评选，以及进行研究生核心课程建设、专业学位课程案例库建设，举行教育硕士微格教学比赛等一系列活动，推进研究生教育教学质量稳步提升。
坚持研究生导师在研究生教育中的第一责任人制度，出台《全面落实研究生导师立德树人职责实施细则》（校字［2019］49号），全面提出了研究生导师的三大素质和七项任务；落实教育部去“五唯”要求，修订研究生导师遴选办法，将代表作制、立德树人职责纳入遴选与考核内容，编制《曲阜师范大学研究生导师手册》，召开研究生导师培训大会，建立起研究生导师资格与指导资格分离的研究生导师队伍建设管理体制机制。
加强研究生的日常管理，出台《研究生管理规定》（校字［2017］54号）、《研究生奖励办法》《研究生违纪处分办法》（校字［2019］6号）等一系列文件，全面加强研究生管理与服务。
研究生文体活动丰富多彩。自 2003年以来一直举办的“和衷杯”研究生师生羽毛球联谊赛已经成为全校师生共同参与、规模最大的群众性体育赛事；2015年举办的校庆60周年文艺晚会、书画展等活动和艺术类研究生每年的毕业展演，也成为学校一道靓丽的风景线、成为学校研究生文化生活的重要组成部分；创建曲园研究生抖音平台、“曲阜师范大学研究生”公众号等，利用新媒体平台做好研究生网络思政引领工作，牢牢掌握网络意识形态工作的领导权和主动权，积极捕捉同学们的思想动态，履行引导职能，丰富研究生的精神文化生活；根据“五四青年节”“国庆节”等时间节点，开展主题教育活动，增强爱国主义教育，厚植爱国主义情怀；2020年庆祝65周年校庆，开展了“平安庚子，曲园华诞”校庆校史主题知识竞赛活动、“迎校庆，抗疫情”第十六届“和衷杯”羽毛球师生联谊赛等活动；以主题教育为切入点，创新性开展研究生“青马培训班”等，鼓励研究生干部创新工作思路、提升工作理念，掌握工作方法。（2021年5月）